Usytuowanie czernieńskiego eremu pw. Proroka Eliasza na zboczu góry, w odludnej wówczas dolinie z przepływającym przez nią potokiem, doskonale nawiązywało do warunków monastycznego życia pierwszych pustelników z Karmelu. Klasztor w Czernej, wzniesiony w latach 1629–1640 z fundacji Agnieszki z Tęczyńskich, należał wówczas do najobszerniejszych eremów w Europie. Prócz kościoła i klasztoru planowano wznieść tu 12 ermitaży – domków pustelniczych z kaplicami. Warunki życia pierwszych czernieńskich pustelników nie były łatwe. Wiemy, że do 1644 roku na terenie klasztoru nie było studni, zakonnicy musieli zatem transportować wodę z płynącego dnem doliny potoku, nazwanego Eliaszówką. Jak podają kroniki, studnię, która do dziś stoi na klasztornym dziedzińcu, drążyli w skale przez blisko siedem lat.

Zespół klasztorny został niezwykle oryginalnie rozplanowany: w czworobok zabudowań klasztoru wpisano kościół w formie krzyża. Klasztor tworzą cztery skrzydła na planie regularnego czworoboku o wymiarach 77 na 70 metrów. Mieszczący się pośrodku kościół jest połączony ze skrzydłami klasztornymi za pośrednictwem budynków umieszczonych na przedłużeniu jego ramion. W narożnych przestrzeniach pomiędzy ramionami kościoła a skrzydłami klasztoru znajdują się wirydarze.

Kościół pw. św. Eliasza ma krótkie prezbiterium, za którym mieszczą się chór zakonny i ośmioboczna wieża. Kościół nakrywają sklepienia kolebkowe oraz kolebkowe z lunetami, a na skrzyżowaniu nawy i transeptu – krzyżowe. Część wyposażenia wnętrza świątyni i klasztoru oraz niektóre szczegóły architektoniczne wykonano z czarnego marmuru dębnickiego, m.in. portale oraz barokowy ołtarz główny z obrazem Anioła karmiącego Eliasza. W ołtarzu znajduje się także barokowe tabernakulum wykonane z czarnego i różowego marmuru.