O popularności kultu św. Mikołaja w Polsce dawniej i dziś może świadczyć choćby duża liczba kościołów, którym św. Mikołaj patronuje. Jest ich ponad 300. Pierwsze wzmianki o krakowskim kościele pod tym właśnie wezwaniem pojawiły się w XIII wieku, choć istnieje wiele przesłanek wskazujących na to, że świątynia istniała na tym miejscu o wiele wcześniej. Początkowo należała do benedyktynów tynieckich, którzy w 1467 roku przekazali ją Akademii Krakowskiej. Jakże inaczej wyglądało wtedy otoczenie kościoła. Opasywał go cmentarz, nieopodal stała szkoła, w której chłopców uczono czytania, pisania i posługi liturgicznej. Kościół stał na niewielkim wzniesieniu, a jego bryłę opływała jedna z odnóg Prądnika, wpadająca gdzieś w tej okolicy do koryta Wisły. Tutaj ulokowały się młyny i zapewne folusze, pralnie, farbiarnie. Nieco dalej za zabudowaniami kościelnymi, w kierunku dzisiejszej ulicy Blich, na nadrzecznych łąkach swoje płótna bielili blicharze (stąd nazwa ulicy). Sięgał tu też staw, którego drugi brzeg wypadał gdzieś w okolicach dzisiejszej ulicy św. Sebastiana. Gotyckiej budowli nie zdołały zniszczyć ani pożar, ani powódź, ale zrobili to w 1656 roku Szwedzi. Odbudowano go w stylu barokowym. Z dawnego wyposażenia zachowało się niewiele, m.in. (dawniej wiszący w ołtarzu głównym) renesansowy obraz Maryi ze św. św. Mikołajem i Stanisławem.