Klasztor oraz kościół św. Franciszka Salezego zbudowano dla sprowadzonego do Krakowa zakonu sióstr wizytek, czyli Zakonu Nawiedzenia Najświętszej Marii Panny. Zgromadzenie powstało w pierwszej połowie XVII wieku we Francji, a do Krakowa sprowadził je biskup Jan Małachowski w 1681 roku. Kompleks klasztorny wybudowano według projektów włoskiego architekta Jana Solariego. Prace przy jego wzniesieniu zakończono w 1695 roku. Wówczas na południowej ścianie kościoła powstał zegar słoneczny. Wykonano go techniką sgraffito i zamieszczono na nim sentencję: „Życie sen krótki”. Pośrodku widoczny jest herb zakonu: Najświętsze Serce Pana Jezusa.