W języku starosłowiańskim „wąwel” oznacza „w wodzie”. Wzgórze początkowo usytuowane było wśród bagnistych terenów, rozlewisk Wisły, Rudawy i Prądnika. Ta gęsta sieć rzek i liczne mokradła zapewniały bezpieczeństwo mieszkańcom poprzez odcięcie od stałego lądu, skąd mógł przybyć wróg. Odnosząc się zarówno do znaczenia nazwy „Wawel”, jak i położenia wzgórza w terenie, Kraków można określić miastem zbudowanym na wodzie.

Pierwotnie osadnictwo na terenie Krakowa miało charakter wyspowy. W podobny sposób położone były inne okoliczne, wczesnośredniowieczne osady – Skałka, Salwator oraz Okół, mieszczący się na terenie południowej części obecnego Starego Miasta, rozciągający się wokół placu targowego usytuowanego przy wybudowanym kilkaset lat później (w XI wieku) kościele św. Andrzeja, jednocześnie będącym główną świątynią osady.