Z uwagi na zasługi profesora dla ochrony tego terenu, budynek muzeum (obecnie Centrum Edukacyjno-Muzealne) nazwano jego imieniem, choć historyczna nazwa tego dawnego obiektu to hotel „Pod Łokietkiem”. Przez wiele lat muzeum gromadziło zbiory eksponowane na tradycyjnej wystawie w dolnych salach. W górnej części wciąż znajduje się pracownia naukowo-badawcza. Obecnie w budynku mieści się nowa, multimedialna ekspozycja. Zobaczymy tu salę geologiczną, rekonstrukcję jaskini wraz z wykopem archeologicznym, makietę Parku, salę z wystawionymi zabytkami archeologicznymi i kośćmi pradawnych zwierząt. Duże wrażenie robi także część z kolekcją trójwymiarowych zdjęć i diorama prezentująca różne środowiska wraz z ich mieszkańcami. Dopełnieniem są filmy o przeszłości geologicznej i największych atrakcjach Parku. Warto jednak zwrócić uwagę na niewielką salkę poświęconą bohaterowi naszej wycieczki. Jest to tzw. kącik Szafera. To tu dzięki decyzji rodziny profesora zgromadzono pamiątki: wydawnictwa, dyplomy, odznaczenia, zdjęcia, mikroskop, a nawet kapelusz. Warto w tym miejscu zastanowić się, czy potrafimy, podobnie jak kiedyś profesor, spojrzeć dziś z szacunkiem i troską na powierzone nam dziedzictwo, którego doświadczamy w Ojcowskim Parku Narodowym.