Kościół oo. Bernardynów w Alwerni nosi wezwanie Stygmatów św. Franciszka z Asyżu. Został założony na wzór włoskiej pustelni La Verna w Toskanii, gdzie w 1224 roku św. Franciszek otrzymał dar stygmatów.

Podróżujący po Europie na przełomie XVI i XVII w. królewski sekretarz Krzysztof Koryciński herbu Topór, odwiedził w czasie jednej ze swych podróży tę franciszkańską pustelnię i postanowił założyć w Polsce podobną. Po powrocie do kraju ufundował w swoich dobrach kościół i klasztor.

W pobliżu wsi Poręba Żegoty, na wzgórzu zwanym Podskale i przypominającym krajobraz włoskiej pustelni powstał w 1616 roku drewniany kościół. Przybyli doń bernardyni sprowadzeni przez Korycińskiego z Krakowa. Niedługo potem wzniesiono barokowy murowany kościół (1630-1676) oraz klasztor (1625-1656). Po śmierci Krzysztofa Korycińskiego budowę kontynuował jego syn Jan Stanisław, a później kolejni właściciele Poręby Żegoty, zwłaszcza kasztelan wojnicki Franciszek Szwarcenberg-Czerny i rodzina Szembeków.

Na początku XVIII wieku dobudowano do kościoła kaplicę, w której znajduje się obraz Ecce Homo. Pod koniec XIX wieku wzniesiono przy ścianie zachodniej wysoką wieżę oraz rozbudowano klasztor.

Kościół i klasztor położone są na wzgórzu i otoczone lasem. Kościół jest budowlą jednonawową z transeptem i krótkim, półkoliście zamkniętym prezbiterium, przy którym znajduje się od strony północno-wschodniej kaplica, a od zachodu wieża. Piętrowe zabudowania klasztorne skupione wokół wewnętrznego dziedzińca (wirydarza) są usytuowane od strony południowej. Po przeciwnej, północnej stronie umieszczone jest wejście do kościoła. Poprzedza je tak zwany Plac Rajski otoczony murem ze stacjami Drogi Krzyżowej.

Wejście główne prowadzi przez kruchtę w przyziemiu wieży. W kruchcie stoją dwa barokowe sarkofagi fundatorów świątyni Krzysztofa i Jana Stanisława Korycińskich, wykonane z czarnego marmuru. Nad nimi jest wmurowane epitafium Franciszka Szwarcenberg-Czernego z 1764 r. Wnętrze nawy przekryte jest sklepieniem kolebkowym, z kopułą na skrzyżowaniu nawy i transeptu. Sklepienie oraz kopułę pokrywa polichromia wykonana w XIX i XX wieku.

Ołtarz główny oraz cztery ołtarze boczne utrzymane są w kolorze ochry ze złoconymi rzeźbami świętych i ozdobnymi detalami. W ołtarzu głównym z 1734 roku znajduje się XVII-wieczny krucyfiks przeniesiony tutaj z wcześniejszego, drewnianego kościoła.

Od strony chóru w ołtarzu umieszczono obraz Matki Boskiej malowany na desce, pochodzący z krakowskiej świątyni bernardynów. Ołtarz boczny po lewej stronie w transepcie poświęcono Panu Jezusowi, a w ołtarzu po prawej stronie umieszczono wizerunek Matki Bożej Alwernijskiej. Interesująca jest znajdująca się w pobliżu ambona z rzeźbionymi postaciami siedzących zakonników. Dwa pozostałe ołtarze boczne stoją przy ścianach nawy: w prawym widoczny jest obraz św. Antoniego z Dzieciątkiem, a w lewym przedstawienie stygmatyzacji św. Franciszka, namalowane przez Antoniego Józefa Dombrowskiego.

Tuż obok ołtarza wmurowano w ścianę pochodzący z początku XIX w. klasycystyczny nagrobek Aleksandra Szembeka i jego żony z rzeźbioną postacią siedzącej płaczki.